Последната поръчка започва, когато нанотехнологията на Desty Nova възкресява Алита в плаващия град Тифарес. Черните тайни на града са жестоко изложени, но изглежда е малка част от един свят, който е сложен. Отивайки в космоса със стари и нови компании, за да научи повече за нейното забравено минало и също така, за да потърси изгубения си приятел Лу Колинс, Алита е попаднала в междупланетна битка между основните сили на Слънчевата система, която е била колонизирана. По пътя тя сключва съюз с три от репликите на Алита, които сега започнаха да вярват за себе си, неприятен суперхакер и самата Нова, когато тя влезе в турнира Zenith of Things (ZOTT), бойно състезание, провеждано на всеки 10 години. Включително начинът, по който Земята се появи от катаклизма на зимата, която унищожи по-голямата част от публиката през цялата дължина на повествованието, е показана повече история относно настройката на Battle Angel Alita, която не е била разкрита в по-ранния низ.
