Братята изпълняват забранената алхимична техника на човешка трансмутация в опит да я възкресят, когато Триша умре от чумата. В резултат на това трансмутацията се връща и по закон с еднакъв обмен левият крак и цялото тяло на Едуард на Алфонс са разрушени. Едуард губи дясната си ръка, за да спаси душата на Алфонс, обвързвайки я с кръвен печат в броня. Рой Мустанг кани Едуард да се превърне в метод за възстановяване на тялото на Алфонс, който да бъде изследван от държавен алхимик. Едуард триумфира, превръщайки се в името според протезните си крайници, Fullmetal Alchemist.
След три години Elrics търсят легендарния Философски камък, за да реализират целите си. Марко изпраща бележките си, за да бъдат намерени от тях, но те научават, че същественият фактор, за да направят наистина Камъка, са човешки жертви. Приятелят на Мустанг, Маес Хюз, продължава своите изследвания, но е застрелян с прикрита завист за намиране на стратегиите на хомункулите.
Виждайки се с Идзуми, Елриците научават, че човешката трансмутация е извършена от нейното мъртвородено дете. Измамният хомункулус Алчността пленява Алфонс, но е спасен от президента на Аместрис крал Брадли, показан да функционира като хомункулус Гняв. По този начин алчността се претопява и реабсорбира в родоначалника Баща на омункулите. Winry и Elrics се връщат в Central City, за да отидат с Хюз, но научават за смъртта му. Лейтенант Мария Рос е създадена за убийството на Хюз, но очевидно е убита от Мустанг. И все пак Едуард научава, че напускането на Рос е инсценирано, за да може тя да бъде контрабандна от Мустанг от Съединените щати до Син, подпомогната от принца на Синге Линг Яо. Хохенхайм се събира с Едуард, но го презира за продължителното му отсъствие в резиденцията.
С напредването на разказа главните герои многократно се сблъскват с омункулите. Мустанг убива похотта; Мустанг и Линг улавят лакомството, но той накрая поглъща Завистта в нулата си и Едуард, подобен на Линг корем. Лакомството отвежда Алфонс да се срещне с Баща, но Линг се превръща вдясно в хомункулус, по-точно най-новия аватар на Алчността, когато останалите избягат от корема на Лакомия. Elrics се освобождават, за да продължат преследването си, при условие че бащата не се противопоставя от тях.
Намирайки подземен тунел под Бригс, генерал Оливие Армстронг намира Отец и Елрикс създава национална трансмутационна група и възнамерява да даде своите граждани, за да може той да се издигне до божеството. Алчността се възстановява, издава спомените на Баща и предишния си Аз, като се обединява с след, и Едуард, миньорите на химера на Кимбли Хохенхайм. Хохенхайм разкрива на синовете си поотделно, че не е смъртен, превърнат отдясно в жив Философски камък от Отец преди четиристотин години.
Денят на обещанието пристига и Отец се готви да започне своята стратегия, като има затъмнение и онези, които са се опитали да преобразят човека като негови жертви, които са от съществено значение. Различните протагонисти влизат в конфликт с миньоните на Бащата, като всички Омункули изтичат. След принудителен Mustang, както и Elrics, Izumi, Hohenheim се събират, тъй като причините татко активира националната трансмутация. Независимо от това, Скар и Хохенхайм активират аместрийците, за да бъдат спасени чрез контрамерки. Алчността е разрушена от бащата, въпреки че татко е изправен над земята, където главните герои се борят с него, за да износят своя философски камък.
Алфонс, чиято броня е почти разрушена през последния конфликт срещу Отец, дава духа си да си възвърне дясната ръка, а той от своя страна съсипва Бащиния камък, пращайки го обратно до ефирната Порта на истината на Едуард. Едуард губи силата си да прави алхимия, за да възстанови душата и тялото на Алфонс. Хохенхайм вижда гроба, където умира, усмихвайки се на Триша.
