Кутия Медака

Сюжетът следва Медака Куроками, магнетичен и привлекателен ученик от първата година на Академия Хаконива, който е избран за президент на Студентския съвет с 98% от гласовете. Тя се обръща към тези петиции по неподходящ начин и с цялата помощ с приятеля си от детството Зенкичи Хитойоши, създава кутия за предложения. По време на повествованието, ръководните места на студентския съвет се разпределят от нея на други ученици като Mogana Kikaijima и Kouki Akune.

Студентският съвет научава, че председателят на академията означава да започне работа за мощни експерименти върху рутинни ученици, Планът на колбата, наречен Нормални, за да можете да ги превърнете в Ненормални, това са хора със свръхчовешки сили. Студентският съвет влиза в конфликт с други ученици, които участват в работата и прониква в тайната лаборатория на училището.

Скоро след това Мисоги Кумагава, който желае да замени Студентския съвет с едно от собствените си предизвикателства на Medaka, за да спечели шампионат Студентски съвет. От неговите правомощия двама ученици се разпечатват след поражението на Кумагава и завършват транспорта си до Академия Хаконива. Двете са по-силни от ненормалните и са наречени „Не са равни“. Техният лидер, Anshin'in, заплашва да рестартира Flask Plan, след като град Medaka, карайки техните наследници да бъдат обучени от Студентския съвет. Независимо от това, точната стратегия на Anshin'in би била да има позицията на председател на студентския съвет на Zenkichi да узурпира Medaka. Зенкичи успява и го прави под предлог за подобряване на студентския живот. Той убеждава Медака да разреши плана на колбата за онези хора, които не желаят.

Поета от отговорностите си като председател на Студентския съвет, Медака скоро се включва в шампионат за определяне на съпруга си. Medaka става победител, избирайки да се ожени за Zenkichi, след като двамата се дипломират и влязат в себе си. Малко след това близкият приятел Хансоде Ширануи от Зенкичи напуска училището. Zenkichi и medaka откриват, че тя в крайна сметка ще бъде друг домакин на Iihiko Shishime, 5000-годишно същество. Той е победен от медака и изчезва, след като напусне Луната, за да се срине към Земята, просто за да се появи навреме за службата в края на годината. След завръщането й заемете позицията на баща си пред фирмения конгломерат на нейното семейство, Kurokami Group, за да се върне по-късно, тъй като новата председателка и Медака решават да напуснат академията. Десет години след това Зенкичи си проправи път към групата Куроками, ставайки работник на високо ниво, преди да се събере с нея, като и двамата се заклеха да не се разделят повече.