През 2065 г. Земята е в центъра на война с извънземни извънземни, наречена Нова. Въоръжените сили разработват и обучават Пандорас, дъщери, които могат да използват специална генетична тъкан, наречена Stigmata (Seikon), за да покажат свръхчовешки бойни оръжейни системи и умения. Подкрепа за Пандорите са мъже партньори, наречени Ограничители, които използват специални правомощия за „замразяване“, за да ограничат свободата на конкуренцията си.
Всеки от тези ограничители е Казуя Аой, чиято покойна сестра беше Пандора. Казуя среща силна Пандора, Сателизатор ел Бриджит, с прякор Недосегаемата кралица, заради безчувствения си стил и крайната си афефобия, докато посещава Академията на Западна генетика в Япония. Въпреки предупрежденията от съучениците му да се пази от Satellizer, тя се сприятелява с Kazuya и иска да бъде нейният ограничител. Satellizer се съгласява да се свързва с него, въпреки че скоро пада на състезание в любовната афера на име Rana Linchen, която вярва, че Kazuya е нейна половинка, след като я подкрепя чрез няколко битки срещу колежните противници на смяната на позициите и курсовете. Когато Novas нападат техния колеж, използвайки Pandoras под техен контрол, за да получат достъп до подземната лаборатория на институцията, тяхната конкуренция се премахва.
Satellizer и Kazuya се присъединяват към няколко ученици от Западна генетика в лаборатория в Аляска, където те могат да помогнат заедно със задачата Evolution Pandora (E Pandora), позволявайки на нормалните жени да получат трансплантации на Stigmata, за да станат Pandoras. Когато един от E Pandoras се вбеси, останалите издават дали лекарствата в експеримента не са опасни, но са принудени да се подчиняват на желанията на бизнес организацията, както и на мениджъра. След като установява, че докато не бъдат изразходвани, те ще бъдат използвани, E-Pandora Amelia Evans ръководи бунт, който ескалира до пълен на Nova Clash.
Казуя научава повече за връзките на семейството си с Нова, както и с Пандора. Дядото на Казуя Генго Аой намери същата работа, която поставя Рана и Сателизатор в уникален екип с жени, наречени Валкирии. Независимо от това, по време на демонстрационната дейност с индивидуално проектирана Nova, която е манекен, Pandoras изпитват заблуди, както и манекените Novas се превръщат в легион от 100-те Nova, които унищожават генетиката. Gengo противодейства на това, като отприщи легендарните пандори, които са лелите на Kazuya. Усилията на Шевалие да убие Генго, като нае няколко затворници, наречени Бъстърс, когато няколко от Легендарните Пандори се превръщат в смъртоносни Нова, но заданието се разпада.
