Базирайки се на популярна игра за отома, Hakuouki следва Chizuru и Shinsengumi в алтернативна реалност. Чизуру пътува до Киото в търсене на изчезналия си баща, но след като е замесена в инцидент, в крайна сметка е приета от Шишенгуми, където се среща с членовете, включително известните Хиджиката Тошизо и Окита Соши. Бащата на Чизуру провеждаше правителствени изследвания за укрепване на Шиншенгуми и разработва ochimizu. Ochimizu е формула, която дава демони като сила и ефекти на регенерация, но веднъж взета, потребителят изпитва изключителна болка и в крайна сметка се превръща в чудовище, изгладено от кръв.
В опит да защити Чизуру, Хиджиката взема охимизу и въпреки че ситуацията е спасена, сега е засегнат от болестта. Окита също е принуден да приеме формулата, когато туберкулозата му пречи да защити Чизуру и себе си. Чувствайки се отговорна за действията си, Чизуру трябва да се бори с чувството си на безпомощност и да намери смелостта да подкрепи Шишенгуми.
